Ich habe mal probiert wie schnell GCC beim Berechnen der Korrelationsfunktion wird: es reicht gerade so für 10 Verzögerungszeiten bei einem ADC Sample alle 1024 Zyklen. Da man Wechselweise jeweils die Hälfte neu berechet gibt das dann 20 Stützstellen. Allerdings ist das noch ohne einen Software-Hochpassfilter und ein paar kleine Tests. Vermutlich wird man also doch auf ein klein bischen inline ASM zurückgreifen müssen um 20 Stützstellen für die AKF sinnvoll zu berechenen.

Edit:
Mit etwas inline ASM klappt es von der Zeit ganz gut: ca. 690 Zyklen für die AD-Wandler ISR. Das reicht also für einen Teiler von 64 beim AD-Takt.
Da sollte auch noch etwas Luft für einen Filter sein.
Wenn man die ganze ISR in ASM schreibt, hat man noch etwas mehr Luft mit der Rechenzeit.