Hallo Zachso,
deine Anfrage ist ja nun schon länger her. Hast du inzwischen weiter gekommen?
Ich würd dir vorschlagen, das Layout auf 4 Lagen zu erweitern, da unterhalb des Prozessors eine GND-Lage sein sollte.
Da die Stüztkondensatoren so dicht wie möglich an den Prozessorpins liegen sollten, ist eine Anbindung verschiedener Pins auf einem Bottom-Layer, der nur zum Verdrahten dient, besser als wenn du GND und Vcc inklusive der restlichen Pin-Verdrahtung auf nur 2 Layer verteilst.

Beste Grüße, Professor