Die 3000U/min sind ok. Das entspricht 50Hz. Die strahlen ein, weil du keinen PullUp an dem Pin hast. Den PullUp kannst du in dem µC einschalten, einfach mit
PortD.2=1
Ich würde an deiner Stelle auch noch ein
Config PinD.2 = 0 oder DDRD.2=0
hinzufügen. Das ist zwar der Standard beim Einschalten, aber es wird dann in deinem Programm noch einmal deutlich, dass du den Pin als Eingang benutzen willst.

Mit der Schaltung zum Auswerten des Zündsignals kann ich dir leider nicht helfen. Vielleicht kann dir hier jemand helfen oder du musst mal in den einschlägigen Foren nachschauen.

Gruß

Rolf