Eine einfache, aber wohl etwas unsaubere Methode wäre es zu dem struct noch ein union zu definieren, so dass man die Bytes einzeln ansprechen kann. Also etwa als
union {
struct {
uint8_t label[16];
....
}
char bytes[16+8];
}

Die Form als .bytes[] kann man dann gut zum kopieren von / zum eeprom nutzen. Bei der Definition oben kann man das aber natürlcich auch gleich so machen. Schwieriger wird es direkt nur bei Elementen die größer als ein Byte sind.

Zum ersten initialisieren, kann man nutzen, dass dass EEPROM gelöscht nur 0xFF enthält. Man ließt die Daten aus dem EEPROM also nur, wenn das nicht 0xFF drin ist. Eine Checksumme wäre auch nicht schlecht.