> der wird sofort abstürzen

Nö
1000µF Kondensator auf dem Mainboard zusammen mit den beiden 220µF von den Motoren + die Kapazitäten nach dem Spannungsregler...
Wenn die Motoren also nicht laufen ist umschalten zwischen zwei Akkupacks per Relais kein Problem.
Aber Energieverschwendung - lieber einen Leistungstransistor/MOSFET verwenden. Das ist auch viel schneller - wenn das ordentlich gemacht wird könnten sogar die Motoren während des umschaltens weiterlaufen.

MfG,
SlyD