Es ist ein Fehler im makefile, kein Problem des Compilers: Der Compiler wird mit einer Datei aufgerufen (.dep/main.o.d), die offenbar nicht existiert.

Tipp: Für den Anfang solltest du deine Makefiles ebenfalls *einfach* halten, und nicht ein Monster mit über 600 Zeilen hernehmen...

Um ein ELF zu erstellen genügt
Code:
avr-gcc -mmcu=atmega32 -gdwarf-2 -DF_CPU=8000000UL -Os -fpack-struct -Wall -W -std=gnu99 main.c -o main.elf
und in deinem Falle sogar

Code:
avr-gcc -mmcu=atmega32 -Os main.c -o main.elf
Wenn du schon ne Baustelle offen hast (C), mach nicht noch ne zweite auf mit make, das ist ein jungfrauenverschlingender Moloch