Diese Schaltung ist ein Relikt aus grauer Vorzeit, als die ersten AVRs mit ADC noch keine interne Referenzspannung hatten (z.B. der 90S8535). Damals war es zwingend notwenig, an AREF eine Spannung anzulegen, und es wurde also in sämtlichen Grundschaltplänen AREF mit VCC verbunden. Blöderweise hat sich das dann bis heute gehalten, weil immer nur die alten Schaltungen kopiert und nicht hinterfragt werden. Wie du schon richtig bemerkt hast, ist diese Beschaltung heute überflüssig, und sogar gefährlich für den AVR, da man damit die interne Referenz mit VCC kurzschließen könnte...