Ja
für die Ports oder auch für einzelne Pin's kann man die Signalrichtung festlegen.
Input oder Output.
Kommt jetzt drauf an mit welcher Sprache Du progammierst.

Das Stichwort lautet DDRC.
Entweder du bemühst die Hilfe deiner Entwicklungsumgebung oder suchchst mal hier im Forum.

In Bascom z.B. kannst Du die Ports oder Pins auch anders definieren:
  • CONFIG PORTx = state
    CONFIG PINx.y = state


Mir fällt auch auf, dass Du keinen ISP Anschluß vorgesehen hast.
Auch wenn Du da bereits eine Stiftleiste dran hast, ist diese bestimmt nicht
so aufgebaut wie die Stecker der Programmieradapter.
Mach noch zusätzlich eine Stiftleiste (am besten eine Wanne) dazu, dann verzettelst Du Dich nicht so schnell.
(Eagle Library vom Roboternetz verwenden)