Deine neue Schaltung ist OK. Für deine Pinreihen an den Ports würde ich mehfach Reihen nehmen, speziell bei den Supply Pins, sonst stehst du schnell wieder ohne Kontaktmöglichkeiten da. Ich würde auch für AVCC auch das von Atmel vorgeschlagene LC-Glied einsetzen, denn sicherlich wirst du auch den A/D-Wandler benutzen wollen.