Wenn man die Motoren ohnehin per PWM reglelt, sollte man die Motoren direkt von den Akkus betreiben. Hier also z.B. 5 oder 6 Akkus = 6 V oder 7,2 V. Der µC braucht dann einen Spannungsregler. Der 7805 ist allerdings für batteriebetrieb eher schlecht, weil da schon 7,2 V eher kanpp sind. Besser ein low Drop regler. Normalerweise sollte der Stromverbrauch bei den 5 V auch nicht so hoch sein, dass der regler wirklich heiß wird. Man kann auch 4 Akkus nehmen und wegen der 5,5 V bei frischen Akkus trotzdem noch einen low drop Regler dazu. Dann hat man später vielleicht nur 4,7 V, aber das stört den µC auch nicht weiter.

Wenn man doch mit eine 12 V Akku arbeitet kann man den µC oder andere Teile die wenig Strom (unter etwa 50 mA) bei 5 V über einen 7805 versorgen. Wenn man Teile hat die 5 V und viel Strom brauchen (z.B. Servos), sollte man da einen Schaltregler einplanen.