Die Kabellänge von 40 cm ist schon an der oberen Grenze, besser wäre ein kürzeres Kabel. LEDs an den ISP Pins sind auch nicht ideal. Es hängt von den Vorwiederständen ab ob es noch geht. Weniger als 330 Ohm wird vermutlich Porbleme machen, mehr als 1,5 K sollte eigentlich gehen. Dazwischen hängt es von der LED und dem Programmer ab.
Pullup Widerstände sollten nicht nötig sein, aber auch nicht stören.


Der Hinweiss mit 1/4 µC takt: sollte auf einen typischen Fehler durch einen zu hohen Programmiertakt im vergleich zum µC takt hinweisen. Bei 16 MHz µC Takt sollte das aber nicht die Ursache sein. Es könnte höchstens sein, das der Quarz nur dann schwingt, wenn das Oszilloskop mit dran hängt (kommt vor, aber selten). Kriegt man denn auch ein Signal, wenn man den Tastkopf nur in die Nähe des Quarz bringt ?.