Ich löse solche Aufgaben meistens mit einem Stromsensor, wie z.B. dem ACS 750 von Allegro.
Da der Hochstromzweig vom Messzweig galvanisch getrennt ist, spielt es dann keine Rolle ob man den Stromsensor in den + Zweig oder in den Massezweig einfügt.

Zu Deiner Schaltung:
Grundsätzlich ist es aber einfacher, den Shunt Widerstand auf der Masseseite einzubauen, wenn die auch mit der Controllermasse verbunden ist.
Man bekommt somit auch positive Spannungen gegen GND, die sich mit einem A/D Wandler einfach auswerten lassen.