Also wenn man die AVRs nacheinender anklemmt, dann geht es gut mit PonyProg und der einegbauten Scriptingfunktion.
Da reichts dann den Nächsten anzuklemmen und STRG-I zu drücken.
Die Fuses und soweiter kann man direkt auch mit stellen.

Für dein Problem könnte ich mir verschiedene Lösungsansätze vorstellen:
- VCC zum Proggen per Jumperleiste deaktivieren und mit nem Mehrstufenschalter halt immer weiterschalten.
- Zusätzlichen AVR als Prog-Master umfunktionieren um den Schalter zu ersetzen - der AVR bekommt das HEX eingepflanzt und proggt alle nacheinander.
- Einen Bootloader so modifizieren, dass alle gleichzeitig per UART geflash werden. Weiß aber nicht, ob man das so gut umsetzen kann - auch wegen der elektrischen Eigenschaften der UART. Ggfs. auch hier alle nacheinander flashen, das geht per UART ja rasend schnell im Gegensatz zu PonyProg.