MISO ist nicht bidirektional.
Ich habe einen Umsetzer geschrieben, der die 5V-ISP-Signale auf eine 3V3-Zielplatform "übersetzt". Und ich habe bei den Hinleitungen (also MOSI, SCK, RESET) einfach einen Spannungsteiler gemacht und bei der Rückleitung (MISO) eine total billige Transistor-Verstärkerschaltung.
Ergebnis ist logischerweise, dass MISO nur noch in eine Richtung geht.
Und was soll ich sagen? Es geht einwandfrei - ohne jede Einschränkung.

Aber ich denke nicht, dass es bei Dir so einfach ist. Denn wenn ein Atmel ein Problem hat, kriegt das der Master nichmal mit.