jeder speicher, ist nichts weiter als eine anhäufung von bytes, die so zu organisieren, dass man da dateien und ordner anlegen kann benötigt ein dateisystem (auf den meisten flashkarten wird da FAT16/32 verwendet) ... einem AVR kann man das dateisystem beibringen(programmieren oder bibiothek) oder du umgehst das dateisystem, indem du ein paar mit dummybytes gefüllte dateien anlegst, mit einem eindeutigen startcode wie es wulf schon beschrieben hat anlegst und dann die bytes innerhalb der dateien manipulierst und später am computer über eigene software beschreibst und ausliest

falls du die speicherkarte NUR im gerät verwenden willst, kannst dir das dateisystem auch schenken, dann sprichst du die speicherkarte wie einen gewöhnlichen eeprom z.B. an (über SPI) einzige bedingung du must imer ganze blöcke von 512 byte übertragen!

also 1k speicher bereithalten, immer abwechselnd 1 speicher über uart-interrupt mit daten befüllen und den anderen in der hauptroutine in die karte schreiben, dann einfach speicher wechseln