Jetzt kein direkter Tipp, wie man damit besser arbeitet.
Es gibt auch eine Erweiterung für Eagle: Eagle3D. Damit kannst du von deinen Platinen 3D-Layouts erstellen. Es ist ein User Langauge Program (ULP) und man kann es hier runterladen: http://www.matwei.de/doku.php?id=de:eagle3d:eagle3d