Ich hatte das problem heute auch. Dazu Xubuntu 10.04 mit Eclipse Helios und dem AVR-Plugin. AVRdude v 5.10. Anscheinend ist von Werk an die Programmer-frequenz vom Werk zu niedrig gewesen (125 Hz). Meine Lösung war es, diese einfach mit AVRStudio unter Windows auf 200kHz einzustellen.

Danach sollten die Kommandos (das Hochladen von Code und das Auslesen des Chips über MCU) mit dem STK600 und der ATMEGA2560-Platine funktionieren.

*edit* JTAG macht Probleme, muss mir wohl doch noch Windos installieren, wenn ich das benutzen möchte. */edit*