Aaaalso ich weiß jetzt nicht ganz genau wo euer Problem liegt bzw. was nicht ganz funktioniert aber zu avrdude unter Linux kann ich euch vllt weiterhelfen. Bin auch vor ein paar Monaten auf Ubuntu umgestiegen und hab mir den USBPROG 3.0 zugelegt. Anfangs hatte ich Probleme den µC zu erreichen. Am Ende hat es aber geklappt und funktioniert bis jetzt auch super mit folgenden Einstellungen:

avrdude -c avrispkmII -p m32 -P USB -B 10 -U flash:w:main.hex

-c gibt den Programmieradapter an (müsste bei euch dann stk600)
-p gibt den Prozessor an, bei mir ein ATMEGA32
-P gibt den Port an, also USB
-B damit kann der Takt eingestellt werden (den Befehl musste ich ergänzen dass ich die Prozessoren auslesen/flashen konnte)
-U benutzen zum flashen, Fusebits ändern etc.

@Ceos
gib mal lsusb in die Konsole ein, dann sollte alle USB geräte aufgelistet werden die angeschlossen sind. Da sollte dann auch der Programmer bei sein wenn du ihn angeschlossen hast