Hi,
ich hatte heute Abend das gleiche Problem. Unter Windoof erst mal STK600 eingestöpselt - Treiber wurde automatisch installiert (wenn AVRStudio installiert ist).
AVRStudio gestartet -> Danach hat erstmal ein Update der STK600-Firmware stattgefunden. Anschließend das neue Board connected (im "Display the connect dialog" - das ist das IC-Icon in AVRStudio mit "Con" Aufdruck.
Anschließend auf ICIcon mit AVR Aufdruck geklickt und ein bißchen rumgespielt (Reiter HW-Settings -> VTarget von 0V auf 5V gestellt) und siehe da es leuchten 3 LEDs - 2 grün, eine rot.
Dann noch im Reiter Main -> Programming Mode and Target Settings -> ISP Mode einstellen und auf den Button "Settings" drücken und dort mal 10kHz einstellen.
Jetzt kannst du proggen.
Problem ist, dass ich unter Linux noch nicht rausbekommen habe, wie man diese Einstellungen vornimmt. Das STK600 ist viel flexibler als das STK500 (ich hab beide). Leider gibt es von ATMEL kein LINUX-Unterstützung.
Ich hoffe, ich konnte helfen.

Ciao,
Alex