Wir haben zur Zeit ein ähnliches Problem mit der pcb-gcode ULP und Filou, welches immernoch gelöst werden muss.
Die ULP will einfach keine brauchbaren GCode Dateien erzeugen. Haben jetzt schon fast alle Einstellmöglichkeiten der ULP durch

Wenn gar nichts mehr hilft (Tipp von einem Bekannten): Layout als Bild exportieren, in einem CAD Programm als Hintergrundbild laden und dann die Leiterbahnen nachzeichnen. Diese Methode wird bei umfangreicheren Platinen aber lästig...