Ups, ja, da fehlt noch ein

ISR(TIMER2_OVF_vect) {

Das hatte ich im laufe der Zeit wohl mit rausgelöscht. Ich habs natürlich mit der Schleife versucht. Also wo ich überprüfen wollte, ob Timer2 überhaupt überläuft, was nicht der fall ist. Bzw löst er keinen Interrupt aus.
Code:
ISR(TIMER1_OVF_vect) {
PORTC = 0b00000001;
}
ISR(TIMER2_OVF_vect) {
PORTD = 0b00000001;
}
so in die Richtung hab ich es versucht. Es hat immer nur die LED von PortC geleuchtet.