Hallo,
ich will auch mal meinen Senf dazugeben.
Letztendlich kommt es darauf an was du mit dem Board vorhast und ob dein Schwerpunkt auf der Elektronikseite oder der Programmiertechnischen Seite liegt.
Willst du experimentieren und den Controller kennenlernen, würde ich dir zu einem fertigem Board raten. Vorteil ist, dass du dich auf das Programmieren konzentrieren kannst und nicht ständig deine Schaltung umbauen musst oder gar auf der Fehlersuche bist. Später weiß man dann worauf es bei der Boardentwicklung ankommt.

Ich für meinen Teil habe das RN-Mega8 und musste schon feststellen, dass ich einiges gern anders gehabt hätte. Was du nicht unbedingt brauchst, ein Board wie das STK500 nur wegen der unterschiedlichen Sockeltypen. Mit einen Mega32Board kommt man sicher eine ganze Weile aus. Das STK500 hat natürlich den Vorteil dass man es per USB programmieren kann.

Interessant finde ich die myavr-Boards. z.B. das hier http://myavr.de/shop/article.php?artDataID=136
Lohnen sich allerdings nur wenn man nicht sofort wieder aufgibt. Alternativ, du planst ein spezielles Projekt, dann lohnt es sich sicher ein eigenes Board aufzubauen.

Anmerken möchte ich auch noch, dass ein kleines Experimentierboard von Vorteil ist, wenn man es einfach mal mitnehmen möchte um woanders was zu machen. Wobei die Modulbauweise wieder den Reiz hat, dass man sich sein Experimentierboard quasi selbst stricken kann.