Wenn du etwas mit AVR machen willst, dann würde ich zu programmieren das AVR-Studio empfehlen. Darin kannst du in Assembler und in zusammenarbeit mit GCC auch in C programmieren.
Aus dem AVR-Studio heraus kannst du die Programme auch teilweise simulieren.
Das AVR-Studio unterstützt auch das STK500, AVRISPmkII, JTAG direkt.
Mit JTAG kannst du dein Programm Incircuit schrittweise testen. Das ist besonders bei größeren und komplexeren Programmen interessant.

Für die Platinenentwicklung ist Eagle und Target stark verbreitet. Es gibt auch noch einige andere.
Die Platinen werden zumeist selbst geätzt, einige fräsen, das fertigen lassen nimmt stark zu.
I2C ist ein Bus System für kurze Verbindungen.
Wenn du den Anschluß für 20 Servomotoren auf die Platine machen willst, wirst du sehr schnell feststellen das die Größe trotz µC explodiert. Da ist zu überlegen das auf Subplatinen auszulagern und über einen Bus zu versorgen.