Ich selbst definere Anschlüsse immer direkt mit dem DDR-Register als Ein- oder Ausgang, deshalb ist mir diese Geschichte mit CONFIG PORT bzw. PIN nicht so vertraut. Aber ich habe dazu was interessantes in der Bascom-Hilfe gefunden:
Syntax

CONFIG PORTx = state

CONFIG PINx.y = state
Offenbar lassen sich einzelne Pins wohl nur mit Config PINB.3 definieren, während CONFIG PORTx alle Bits des Ports betrifft.
Was auf jeden Fall geht ist
DDRB = B&00011000
(Setzt B.3 und B.4 als Ausgang, alle anderen als Eingang)

Und zum "Auslesen" sind Timer0 und TCNT0 gleichwertig. TCNT0 benennt halt schon gleich das Register beim Namen, bei "Timer0" übersetzt das Bascom noch schnell.