Endlich nach langen verzweifelten Herumprobieren und reichlich Unterstützung vom Nachbarforum ist das Problem gelöst.

Der Conrad Bootloader aktiviert das IVSEL Bit im MCUCR und leitet somit alle Interrupts erstmal zur Bootloadersektion um. Manche Interrupts wie z.B USART0_UDRE_vect werden dann wieder an die ursprüngliche Adresse zurückgeleitet.

Wenn man das IVSEL bit wieder zurücksetzt funktioniert aber alles so wie es soll. Also braucht man nur folgende 2 Zeilen vor dem eigentlichen Program einfügen:

MCUCR = (1<<IVCE);
MCUCR = 0;

mfg Thomas