Die einfachste und auch empfolene Möglichkeit dein target mit 5V zu benutzen ist es extern zu versorgen bei jedem anderen Programmer müsstest du das eh.
Pegelprobleme gibts nicht, wenn du dir die Funktion der IO Ports im Datenblatt etwas genauer anschaust müsstest du auch rausfinden warum
R9 ist eine Alternativbestückung, die mittlerweile keine Rolle mehr spielt.

lg
Christian