Die meistens beste methode zur Zeitmessung ist die Input Capture Funktion von Timer1. Allerdings weiss ich nicht, ob Timer 1 eventuell schon blockiert ist (nicht jede nutzung blockiert den Timer auch) und ober der ISP Pin (= PD6 beim Mega32) noch frei ist. Statt des ICP Pins kann man notfalls auch einen ADC Eingang nutzen, ist dann aber komplizierter.
Ein Beispielprogramm dazu findet sich im Wiki Bereich:
https://www.roboternetz.de/wissen/index.php/Timer/Counter_(Avr)

Da sind auch ein paar Beispiele zu Interrupts dabei.
Die anderen Pins die einen Interrupt auslösen können sind Int0,Int1,Int2.