Gehen die Kanäle 3B und 3C? (sofern Testbar)?
Wenn nein, dann stimmt irgendwo beim Setzen der Timer-Register nicht.
Hüpf mal in den Simulator, lass den mal bis nach die beiden Zeilen
Code:
Config Timer3 = Pwm , Pwm = 10 , Compare A Pwm = Clear Up , Prescale = 1     
Pwm3a = 100
laufen und schau mal im IO-Window nach, was die folgenden Register für Werte haben:
ETIMSK
TCCR3A
TCCR3B
TCCR3C

Evtl. findet sich da dann der "Schuldige" (Falscher Wert irgendwo)