Hi!
Ich denke, dass Du bei hohen Geschwindigkeiten einen Stack-Überlauf produzierst und der AVR dadurch vermeintlich neu gestartet wird. Nimm lieber den den Timer/Counter und zähl die Impulse, die anliegen. IMHO kann der mit maximal fosz / 4 getaktet werden.
Du must nur in regelmäßigen Abständen den Zählerstand auslesen und auf 0 setzen.
MfG
Markus
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