Die 3,5 µA sind an sich nicht viel, aber sparsame Controller kommen im Stromverbrauch auch in die selbe Größenordnung:
z.B. Mega48P bei 3 V:
Powerdown mode mit whatchdog aktive für periodeisches Aufwecken : ca. 4 µA .
Powerdown mit 32 kHz Quarz (z.B. als Echtzeituhr) : ca. 1 µA.
32 kHz aktive ca. 10 µA.
Da muß man schon langsam auf den Leckstrom von Elkos achten.

Vor allem braucht man bei 3 V oft gar keinen Spannungsregler. Es ist dem µC relativ egal ober er 2.5 V oder 3,5 V kriegt.

Wenn man wirklich die meiste Zeit so sparsam sein kann, kommen selbst Lithium Knopfzellen in Frage. Eine 20 mAh Zelle könnte da schon über ein Jahr laufen. Ein 200 mAh Zelle (CR2032) schon 10 Jahre.