Was noch fehlt wäre die Angabe des Controllers, ein häufiger fehler ist z.b. das die programmierung beim Atmega64/128/256 über die USART0 (Pin 2,3) läuft und nicht über die SPI also intern wird dafür schon ISP genutzt das Pinout ist aber anders.
rein technisch kann ich mir jedenfalls nicht vorstellen das es etwas mit JTAG zu tun hat schliesslich werden alle AVR´s mit aktivem JTAG ausgeliefert dann müssten schon mehrere Leute Probleme beim Zugriff auf die Controller gehabt haben.