Ich würde vermuten, dass dann Deine Pads gegen irgendeine andere Regel im DRC verstößt. ZB gegen minimum Drill. Wenn dieser größer ist als Dein Drill in der Lib, dann ändert Eagle das automatisch.
Zur Frage: Du musst per Hand Layout und Schematic wieder "gleich" machen: gleiche Bauteil, gleiche Verbindungen. Entweder das überschüsige Bauteil löschen oder das fehlende Bauteil einsetzen. Es muss genau das gleiche sein und die Verbindungen müssen auch identisch sein. Dann auf ERC klicken und wenn Du alles richtig gemacht hast, sind sie wieder konsistent.
Gruß