Wenn das Layout nicht so besonders gut ist, könnte es schon Störungen geben. Die Ausgänge sollten nicht zu viel Strom schalten, die Masseführung sollte stimmen, und an VCC und AVcc sollten Abblockkondensatoren sein. Bei einem Brauchbaren Layout geht auch PWM während einer AD-wandlung. Der zu erwartende extra Fehler liegen mehr bei 1 LSB oder weniger.

Der Interrupt sollte den ADC nicht stören. Es sei denn dort wird auch der AD Wandler ausgelesen oder die Ausgänge an PORT C geändert.

Wenn die Störungen nur eher selten auftreten und man reichlich Zeit hat, könnte man mehrmals messen und dann mitteln bzw. die größten und kleinsten Werte verwerfen.