nein, das macht der Compiler für dich . bei einem $include macht der Compiler eigentlich nichts anderes, als den Inhalt der angegebenen Datei einfach an der Stelle im Code einzufügen, dann wird kompiliert.
Aufpassen muss man allerdings mit Funktionsdefinitionen (Deklaration bringt keine Probleme) und Unterprogrammen (Label und Return), wenn die im regulär ablaufendem Programm stehen werden die auch abgearbeitet.
Abhilfe schafft, was ich auch in Includes immer mache, ein einfaches Goto.
Also in etwa so:

(Inhalt Hauptprogramm)
Code:
$regfile = "..."
...

$include "my_functions.bas"

Do
   ...
Loop
End
(Inhalt myfunctions.bas)
Code:
Declare Function MyFunction(Byval parameter As Byte) as Byte

Dim MyVariable as Byte

Config XX ...

' Funktionen überspringen
Goto MyFunctions_runprog

Function MyFunction(Byval parameter As Byte) as Byte
   ...
End Function

Test_procedure:
   ...
Return

MyFunctions_runprog:
mfg

edit:
Achja man kompiliert dann immer nur die Hauptdatei, die Includes muss man da gar nicht anrühren. Weils mir aber auch immer wieder passiert, dass wenn ich eine Include bearbeitet habe und dann kompilieren will, das ich die Include kompiliere, was natürlich einen Haufen Fehler rauswirft. Das kann man umgehen, wenn man in jeder Include am Anfang "$nocompile" schreibt. Ist aber mehr was ergonomisches denn funktionelles