Was möglich ist, ist eine Veränderung der Frequenz durch hohe Wärme oder Kälte. Sonst sind aber die Schwingungen eines normalen Quarzes sehr konstant.
Eine falsche Interpretation des µCs ist nicht möglich, solange die Fusebits richtig eingestellt sind.
Nach deinen Beschreibungen scheint es auch nicht der interne Taktteiler zu sein, aber trotzdem würde ich dir empfehlen, das mal zu kontrollieren.

Mehrkann ich dazu aber ohne Schaltplan auch nicht sagen...

jon