Die 100nF haben wir auf der ersten Platine 6 und zusätzlich noch Spannungsstabilisierung 7812 / 7805 (230V --> 12V --> 5V). Auf der nächsten Platine vor dem Atmel gibt es noch einmal 17 100nF. Daran sollte es also nicht liegen.

Bleiben die Fusebits. Oder kann der Oszillator (Quarz 16 MHZ) aus irgend einem Grund mal mit 3 bis 4 MHz laufen bzw. kann der Atmel das so interpretieren als liefe er nur mit dieser Frequenz?