Also über 25kHz kann ich mir vorstellen, dass es Probleme gibt, weil der L298 laut Datenblatt für 25kHz ausgelegt ist. Bis 40kHz hat er noch Toleranz.
Aber wenn die Probleme schon bei 1 kHz los gehen...

Vielleicht hat ja der L298 auf deiner Schaltung auch einfach ne Macke?