Wie man zwei unterschiedliche Busse miteinander verbinden kann weiss ich leider nicht, vielleicht erkennt Eagle es wenn man identische Labels für beide Bussleitungen vergibt? Kommt auf einen Versuch an.
Für das Lochrasterfeld habe ich eine einfache Lösung parat, einfach Grid auf 2,54mm einstellen und dann das Display (Gitter) einblenden. Nun kann man einfach Vias als Lötaugen verwenden. Allerdings ist das mit dem Lochrasterfeld keine sehr haltbare Lösung, da sich die Lötaugen schon nach wenigen Löt/entlötprozessen ablösen werden. Wenn du einfach eine herkömmliche Lochrasterplatine per Steckverbindung oder ähnliches mit dem Board verbindest kannst du einfach die "Ausgelutschte"
Lochrasterplatte auswechseln, ohne das dein Board dabei Schaden nimmt. Ist aber nur ein Vorschlag, mach es einfach so wie du es für dich am besten findest.