Also...
Die Datenleitungen die du bestimmt benötigt, sind MOSI, MISO, Clock (SCK), etc. Das hab ich verstanden. Dies bedeutet, dass du auch eine Serielle Schnittstelle benötigst. Also zu dem FT232RL einen MAX232.
Der wandelt dir einfach diese beiden Datenleitungen RxD und TxD zu den entsprechenden MISO MOSI etc.

Oder du sparst dir den MAX232 und gehst aus dem FT232RL direkt hinter den (Bestimmt auf dem Board befindlichen) MAX232. Der wandelt dir nämlich wieder die Signale in die für den Controller passenden Signale (RxD und TxD).

Wegen dem Durchblick...mach dir mal da keine Gedanken...des Kind bekommen wir schon geschaukelt

Was genau meinst du mit unbeschaltet? Die anschlüsse vom Controller?
Oder meinst du, dass die Leitungen auf dem Board vorhanden sind, aber halt direkt zum Controller laufen und nicht rausgeführt sind? Oder sind sie gar nicht vorhanden?

Ob nun FT232RL oder FT232B oder auch FT232M ist egal. Der FT232M ist -soweit ich weiß- die gleiche Variante nur mit Blei.

Also wenn du die Schaltung mit deinem FT232RL aufbaust (und eventuell noch mit dem MAX232) und zusätzlich die Datenleitungen RxD und TxD aus deiner Schaltung seperat rausführst, dann hast du genau dieses Ding.
Dann kannst du an deine Schaltung mit USB zuerst über ne seriellle Schnittstelle einen Controller programmieren oder direkt über die beiden Datenleitungen RxD TxD.

Ich persönlich kenn jedoch die Software nicht. Die benötigte Software für den FT232RL findest du jedoch unter der Homepage von Texas Instruments. -Hast bestimmt schon gesehen/gelesen-

Bei Fragen grad melden^^
Ich hoff, dir hat die Antwort ein wenig weitergeholfen.