Also
E aus
1 an
2 an
3 aus
?

Dann probier es noch mal. Im AVRstudio auf connect, dann "STK500 or AVRISP" und COM3 (oder "Auto")auswählen.
Dann kommt entweder das connect-Fenser nochmal, mit Titel "connect failed...". Oder ein größeres Fenster, was dann heißt, dass das MK3 erkannt wurde.