Die Funktion die dich interesiert ist zum einen "Clear OCxA/OCxB on Compare Match" und zum anderen CTC.
Es gibt auch eine Toggle OCx Funktion. Das mit dem CTC stimmt so.
Die notwendigen Informationen findest Du im Datenblatt für den ATMEGA32A ( doc8155.pdf ) auf Seite 79.

Welche Register dann dazu wie gesetzt werden müssen sollte sich dort klären lassen.
Ich müsste mich jetzt da genauso durchkämpfen, das kannst DU ja aber auch selber machen, umso mehr lernst Du dabei.

Wenn Du die Register richtig befüllst, läuft die komplette Frequenzerzeugung in Hardware und braucht somit keine Rechenzeit mehr vom Controller - toll oder ?