Zum messen eine eternen Zit gibts die ISP Funktion. Wenn man aber den Weg mit dem Zählen wählt, wegen der hohen Frequezn, muß man eine definierte Zeit warten. Das Warten geht z.B. so:
Den Timer Starten, ggf. mit Startwert. In der ISR zu dem Timer dann ggf. noch einen Zähler runterzählen und dann wenn man 0 erreicht hat den anderen Timer anhalten. Für eine Wirklich extacte Zeit sollte das Hauptprogramm einfach ein den Idel mode gehen per Sleep-befehl.

Das abfangen einen extra Überlaufs beim anderen Timer ist etwas komplizierter: dazu schaltet man kurz vor dem Enden der Torzeit den Interrupt ab, und ließt dann neben dem Timer noch das Interrupt flag aus. In der kurzen Zeit am Ende sollte höchstens ein Überlauf vorkommen können.