Nun, du hast leider keine Angabe gemacht, wie genau du das Ergebnis haben möchtest und wie oft du abtasten willst. Soweit ich weiß, wird wenn ein Interrupt auftritt, der aktuelle Befehl ausgeführt und anschließend in die ISR gesprungen.
Dadurch gibt es nur einen Unterschied der in der Länge des abzuarbeitenden Befehls begründet ist. Wie lange der MC benötigt um in die ISR zu kommen, ist ja egal.
Verzweigungen sollten in der ISR natürlich nicht vorkommen.

Eventuell kannst du ja sogar zwei Timer nehmen und beide erst in der Hauptroutine auslesen. Dann müsstest du in der ISR die Zähler nur stoppen.
Dadurch sollte die ISR sehr kurz werden, bei entsprechender Taktung des MCs sollte dann Zeiten µs-Bereich zu messen sein. Einen AVR mit einer Capture-Einheit habe leider nicht zu bieten.


Tschuldigung, ich hab nix gegen Tippfehler und rechtschreibgeil bin ich noch lange nicht, aber deine Schreibweise ist schon ziemlich ignorant, da muss man ja dreimal lesen um zu verstehen.
Und nicht gleich losholzen, auch wenn es nicht das ist was du hören wolltest, habe ich doch versucht dir zu helfen.

Edit: muss mich da korrigieren, einen Timer kann man natürlich nicht stoppen, sondern nur den Zählerstand im ICR-Register speichern. Von daher braucht man dann auch zwei Timer.