Wenn man es wirklich so genau haben will, das man 2 ICP einhaten haben muß, dann sollte man ohne Verteiler arbeiten und hat dann auch kein Problem etwas zurückzusetzen.
Die Alternative wäre wirklich nur einen ICP und einen externen interrupt zu nehmen. Die Interrupt Antwortzeit kriegt man reproduzierbar (Zyklengenau), wenn man den µC per sleep Befehl in den Idel mode versetzt.

Der M32 hat zwar 3 Timer, aber nur einer davon ist ein 16 Bit Typ.