Der Interne Pullup solle nichts kaputmachen, das sind 20-50 Kohm, das fließen bei 5 V also höchstens 0,25 mA an Strom vermutlich sogar deulich weniger. Problematisch könnte sein wenn die Versorgung beim Mega8 etwas Später ankommt, z.B. wegem dem Filter an AVcc. Auch eine falsche reihenfolge beim initialiesieren könnte ein Progbelm werden. Wenn man ganz sicher gehen will besser einen Widerstand von etwa 1-10 K dazwischenschalten.
Das der Mega 8 nich funktioniert heißt nicht, das da mal kurzzeitig auch 100 mA geflossen sein können. Meistens geht sowas gut, auch wenns jenseits der Spezification ist. Die Spezification sagt ja nur aus wie weit man sicher gehen kann, aber nicht, das der Chip sicher defekt ist wenn man darüber geht. Da ist oft noch eine recht große Grauzone wo auf die Schnelle noch keine direkt messbarer Schaden entsteht.