Die Fehler Suche ist wirklich nicht einfach. Ein erster Test wäre eventuell mal eine relativ einfaches Programm wo hoffentlich dann kein Fehler mehr drin ist laufen zu lassen, um Hardwarefehler weitgehend auszuschsließen. Das Programm muß da eigentlich nur feststellen ob der Controller sauber druchläuft ohne Aussetzer.

Bei der Hardware ist die Spannungsversorgung sicher eine Fehlerquelle. Eventuell gibt es auch Störungen auf Externen Interrupt pins, die wieder erwarten doch aktiv sind ? Gefährich ist auch immer eine Rückwirkung der Motoren auf die Spannungsversorgung des µC. Hardware Fehler zu finden, die nur sehr selten auftreten ist aber wirklich schwer. Das ist die unangenehmste Sorte.
Hänger durch Hardware Fehler sind aber eher schwer vorstellbar. Meistens geht dann gar nichts mehr, oder das Programm startet einfach wieder von vorne.

Bei Software-problemen sollte man mal mit einer Version vergleichen, die noch ohne Hänger lief.

Kann es bei mehreren ISRs eventuell dazu kommen, das eine ISR gar nicht mehr ausgeführt wird, oder ist die ISR belastung eher gering ?
So tückische Sachen wie ISRs die den Interrupt wieder freigeben sind doch hoffentlich nicht drin oder ? Die sind nämlich sehr Fehleranfällig. Zu debugzwecken kann es Hilfreich sein wenn man den Anfang einer ISR von Außen erkennen kann (z.B. LED aufblinken). Mit der UART könnte man auch an makanten Punkten im Programm jeweils einen Buchstaben schicken und das dann in ein File Speichern. So kann man eventeulle grob einkreisen was zuletzt gemacht wurde. Man braicht sich von dem möglicherweise riesigen File ja in der Regel nur das Ende ansehen. Ist aber auch eine Menge Aufwand, wenn man das nicht sowieso noch drin hat.

Wie sieht es denn mit dem dynamischen Speicherverbrauch aus ? Besteht die Gefahr, das das RAM voll wird ?