Ein Instrument ereugt natürlich nicht nur eine Frequenz. Sonst würden ja alle Instrumente gleich klingen...
Sie erzeugen einen Grundton (den Du messen willst) und dieser ist von anderen Frequenzen überlagert, die den Klang des Instruments bestimmen.
Je nach Stärke dieser restlichen Frequenzen solltest Du das Signal vorher filtern, um den Grundton zu bekommen.
Dann kannst Du versuchen die Nulldurchgänge mit dem AnalogComparator zu finden (indem Du an einen Eingang Dein Signal und an den anderen "0") anschließt) und den zeitlichen Abstand messen.
Du könntest auch den Zählereingang T1 benutzen und die Flankenwechsel innerhalb einer bestimmten Zeit zählen, dann bekommst Du die Frequenz auch.
Aer Du musst aufpassen, dass Du keine zu hohen oder negativen Spannungen an den Port bekommst.
Gruß