Wenn Du USB verwenden willst, gibt es dafür verschiedene Bridge Bausteine.
Schau z.B. mal nach dem FT232RL. Dieser Baustein wandelt die USB Daten in ganz normale serielle Daten, die man dann mit dem USART weiterverarbeiten kann.
Die USB Schnittstelle direkt mit dem Controller verarbeiten geht zwar auch ist aber nicht einfach. Guck mal bei ELEKTOR, die hatten da mal sowas vorgestellt.