Gut, nehmen wir das mal Stückchen für Stückchen auseinander.
Zuerst mal die Werte der Makros:
PC0 steht für 0
PC2 steht für 2

Ersetzt man die Makros im Beispiel, sieht das also so aus:
PORTC &= ~( (1<<0) | (1<<2) );

weiter gehts:
(1<<0) ergibt 00000001 binär (1 um null Stellen nach links schieben)
(1<<2) ergibt 00000100 binär (1 um zwei Stellen nach links schieben)

Jetzt steht da also
PORTC &= ~( 0b00000001 | 0b00000100 );

( 0b00000001 | 0b00000100 ) = 0b00000101 (bitweises oder)

Dann kommen wir auf
PORTC &= ~( 0b00000101);

Das Exclusiv-Oder (~) dreht alle Bits um:
PORTC &= 0b11111010;

a &= b ist eine andere Schreibweise für a = a & b also:

PORTC = PORTC & 0b11111010;

Das Ergebnis dieser Operation ist also, dass Die Bits 0 und 2 von PORTC auf 0 gesetzt werden, alle anderen behalten Ihren bisherigen Wert.

Jetzt klar?

Gruß,
askazo