Willst du das selber ätzen? Wenn ja, dann musst du die Abstände der Leiterbahnen deutlich größer wäheln. Sonst glaube ich kaum, dass das etwas wird.

Zu AREF:
Überleg mal, was für Spannungen du wahrscheinlich brauchst. Normalerweise reicht es, wenn man 5Volt und 2,56Volt als AREF hat, mehr braucht man nicht, es sei denn, man hat Spezialelektronik, was ich bei dir kaum glaube. Die 5volt und die 2,56Volt kannst du per Software einstellen, weswegen eine externe Beschaltung von AREF weitestgehend entfällt. Dann bräuchtest du nur einen 100nF Kerko nach GND.
Damit kannst du dir folgende Teile ersparen:
JP3, C7, L2, R3

Zu RESET:
Eine Beschaltung des RESET Pins nach Masse über einen 100nF Kondensator ist nicht zu empfehlen, da es mit dem passieren kann, dass ein Low-Ziehen des Pins nicht erkannt wird.
Und die Möglichkeit, den RESET Pin über zwei Jumper (JP2, JP4) nach VCC zu ziehen ist sinnlos, sinnloser geht es nicht mehr.
Des Weiteren fungiert der 10k Widerstand R4 als Pull-Up, der 100k Widerstand R3 als Pull-Down, was ebenso sinnfrei ist.

Weitere Frage:
-Wie willst du den µC programmieren? Über ISP? Wenn ja, wo ist der Anschluss für einen Programmer?
-Was ist mit der Buchse USB2? Hat die irgend einen Sinn? momentan ist bei der ja nur VCC angeschlossen...

Zu guter letzt noch:
Es macht sinn, den Kerko C6 möglichst dich an den µC zu setzten, damit der seine Wirkung voll "ausbreiten" kann.
Auch würde ich bei dem Wiederstand gleich einen SMD-Widerstand verwenden.

jon